Бекшински родился в Саноке (Sanok) на юге Польши. После завершения обучения архитектуре в Кракове в 1955 году, он вернулся в Санок. Несколько лет после этого Бекшински работал бригадиром на стройке. Эту работу он ненавидел. В этот период Бекшински заинтересовался художественной фотографией, фотомонтажом, скульптурой и живописью. Он оказался очень новаторским художником, особенно для коммунистической страны. Он создавал скульптуры из гипса, металла и проволоки. Фотографии Бекшинского стилистически были похожи на его будущие работы в живописи, представляя собой изображения морщинистых лиц, неровных ландшафтов, объектов с очень бугристой поверхностью, эффект от которых усиливался игрой с источниками света и тенями. Среди его фоторабот также можно встретить различные тяжёлые образы, такие как изуродованная кукла с разодранным лицом, портреты людей без лиц или с полностью забинтованными лицами.











Позднее Бексиншки сконцентрировал свои творческие усилия на живописи. Его первые картины относились к абстрактному искусству, но на протяжении шестидесятых годов он всё более склонялся к сюрреализму. В 1970-х годах Бекшински вступил в период, который он сам назвал «фантастическим», продолжавшийся вплоть до поздних 80-х годов. Это наиболее известный период его творчества, когда он создавал свои самые знаменитые впечатляющие образы, изображающие сюрреалистические, постапокалиптические картины сцен смерти, распада, пейзажи со множеством скелетов, искажённых тел, пустынь. Все они были написаны с его особым вниманием к мельчайшим деталям, особенно когда это касалось отображения грубых, неровных поверхностей. Картины художника часто весьма велики по размерам, и отчасти напоминают некоторые работы австрийского художника Эрнста Фукса (Ernst Fuchs) своей замысловатостью и почти маниакальным вниманием к деталям. Несмотря на мрачное исполнение, Бекшински считал, что многие его работы недопоняты, так как они достаточно оптимистичны и даже забавны.











Практически все выставки Бекшинского проходили с успехом. Престижная варшавская выставка в 1964 году считается его первым серьёзным успехом, так как все выставлявшиеся картины были проданы. В 80-х произведения художника получили известность во Франции и он достиг серьёзной популярности в Западной Европе, Японии и США.











До переезда в Варшаву в 1977 году он сжёг выборку своих работ на заднем дворе своего дома не оставив никакой информации о них. Позднее Бекшински объяснял, что некоторые из них были «слишком личными», другие неудовлетворительными, и он не хотел, чтобы люди могли их видеть.











1980-е годы стали переходными в творчестве Бекшинского. Произведения ранних 90-х годов в основном представляли собой серию сюрреалистических портретов и крестов. Они были намного менее богаты деталями, чем работы «фантастического периода», но не менее убедительными и сильными. Во второй половине 90-х годов художник открыл для себя компьютеры, Интернет, цифровую фотографию, на чём и концентрировался вплоть до своей смерти.











Бекшински всегда выполнял свои работы в одной из двух манер, которые он называл баро́чной и готической. В первой манере доминировало наполнение, во второй — форма. Картины созданные в последние пять лет жизни художника в большинстве своём были созданы в «готической» манере.











Поздние 90-е стали тяжёлым периодом в жизни художника. Его жена, София, умерла в 1998, а год спустя, на рождественский сочельник 1999 года, покончил жизнь самоубийством его сын Томаш (Tomasz Beksiński) (популярный ведущий на радио, музыкальный журналист и кинопереводчик). Его тело нашёл сам Ждислав Бекшински. Бекшински не смог примириться со смертью сына и хранил конверт «для Томека в случае, если я протяну ноги» прикреплённым к стене.











22 февраля 2005 года художник был найден мёртвым в своей квартире в Варшаве. На теле Бекшинского было обнаружено 17 колотых ран, две из которых были смертельными. Вскоре после этого были арестованы несовершеннолетний сын коменданта его дома, который позднее был признан виновным, и его друг. Известно, что незадолго до своей смерти Бекшински отказался дать в долг этому юноше.