Гордон Фримен родился в Сиэтле, штат Вашингтон. С ранних лет он заинтересовался квантовой механикой и теорией относительности; его кумирами были Эйнштейн, Хокинг и Фейнман. В конце 90-х годов, будучи приглашённым студентом в Инсбрукском университете, Гордон присутствовал на ранних экспериментах по телепортации, проводимых Институтом экспериментальной физики. С тех пор практическое применение телепортации становится страстью молодого физика. В 1999 году Фримену была присвоена учёная степень кандидата наук от Массачусетсского технологического института (MIT) за работу, названную «Наблюдение запутанности Эйнштейна-Подольского-Розена на супраквантовых структурах при индукции через нелинейный трансурановый кристалл импульса сверхдлинных волн (СДВ) от исходного набора с синхронизацией мод».

Принимая участие в академических исследованиях Инсбургского университета, Гордон был разочарован их медленными темпами развития и недостаточным финансированием. Охваченный своей мечтой, учёный ищет работу вне образовательных учреждений, и фортуна улыбнулась ему. Бывший наставник Фримена в MIT, доктор Айзек Кляйнер, взялся за секретный проект в Исследовательском центре «Чёрная Меза» и искал талантливых помощников. Учитывая источники и размеры финансирования, Фримен подозревал, что в центре ведутся разработки новых вооружений. Но, несмотря на опасения, учёный принял предложение работы, надеясь, что мирное применение технологиям также будет найдено.

Фримен получил должность научного сотрудника в лаборатории аномальных материалов с уровнем доступа 3. Для проживания учёному была предоставлена квартира в общежитии исследовательского центра. Прежде чем герой приступил к своим обязанностям, он проходит курс подготовки к использованию специального защитного костюма.

Мало что известно о работе Фримена в «Чёрной Мезе» до событий Half-Life. В Half-Life 2: Episode One Аликс Вэнс, комментируя умение Гордона быстро перемещаться по вентиляционным шахтам, пересказывает историю, которую ей поведал доктор Кляйнер. Фримен и его приятель, охранник Барни соревновались, кто быстрее попадёт внутрь кабинета рассеянного профессора после того, как тот случайно захлопывал дверь снаружи.

В начале игры Half-Life упоминается, что Гордону 27 лет. В письме администрации отмечено, что Фримен не состоит в браке и не содержит иждивенцев. Однако, если в начале игры вы зайдёте в раздевалку учёных и заглянете в шкафчик с фамилией Freeman, то в нём, помимо термоса, вешалки с одеждой, ящика, батареи для HEV и пары пистолетных обойм обнаружится фотография маленького ребёнка.